メタンハイドレートの資源としてのポテンシャルを探求しようとする国のプロジェクトは、1995年に「第8次国内石油及び可燃性天然ガス資源開発5カ年計画」でメタンハイドレートの掘削調査を実施する計画が宣言されたときに始まります。これを受けて、同年、当時の石油公団は民間10社を率いて特別研究「メタンハイドレート開発技術」を立ち上げ、その研究成果をもって計画通り1999年度に基礎試錐「南海トラフ」が掘削され、日本の海洋で初めて「砂層型メタンハイドレート」の存在を確認しました。
2001年7月、経済産業省（当時、通商産業省）は「我が国におけるメタンハイドレート開発計画」を発表し、本格的な開発研究が始まりました。開発計画をけん引するメタンハイドレート資源開発研究コンソーシアム（通称、MH21）は、東部南海トラフ海域やカナダ・マリック地域で様々な掘削調査、産出試験などを行い、メタンハイドレート開発に必要な技術の検証を行ってきました。
2013年3月には、渥美半島～志摩半島沖（第二渥美海丘）で実施された世界で初めての海洋産出試験において約12万立方メートル（速報値）のガスを生産し、メタンハイドレート開発の機運は益々高まってきています。
そして2013年、新たな「海洋基本計画」と「海洋エネルギー・鉱物資源開発計画」の改定版において、商業化プロジェクトに向けた目標が初めて設定され、次の海洋産出試験を含む工程表が示されました。
このような歴史の中で、2014年10月、「日本メタンハイドレート調査株式会社」は誕生したのです。
